참여기관으로서 용역을 제공하고 수령하는 국고보조금의 부가가치세 과세여부


                                                                    작성일자 : 2016.08.10.
                                                                                  작 성 자 : 박민수 세무사

 

1. 개요

정부의 위임을 받은 주관기관과 기술개발협약을 체결하여 참여기업으로서 기술개발용역을 제공하고 수령하는 정부보조금의 부가가치세 과세여부에 대하여 알아보고자 한다.

 

2. 사실관계

(1) 당사(A)는 정부의 위임을 받은 주관기관(B)와 기술개발협약을 체결하였음

(2) 당해 기술개발과 관련하여 당사(A)가 정부 또는 주관기관으로부터 지원되는 정부출연금을 수취하는 경우 부가가치세 과세여부에 대하여 문의함 

 

3. 사실판단

(1) 부가가치세법상 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 역무를 제공하는 것을 포함한다(부가가치세법 제11조). 

(2) 만약 당사(A)가 수행한 연구 결과물이 정부 또는 주관기관에 귀속되는 경우에는 정부출연금이라는 용역의 대가를 받고 용역을 제공한 것으로 부아 부가가치세 과세되는 것이다. 

(3) 그러나 연구결과물이 당사(A)의 귀속에 포함되는 경우에는 당해 기술개발과 관련하여 수령하는 정부출연금은 부가가치세법 제29조 제5항 제4호에 따른 국고보조금 등으로 보아 부가가치세과세표준에서 제외되는 것이다. 이 경우 정부출연금을 수령하는 경우 지급주체에서 증빙을 요구하는 경우가 많아 일반적으로 계산서를 발행하고 있다.  

 

4. 관련법령 

부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

부가가치세법 제29조【과세표준】

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다. (2013.6.7. 개정)

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 

 

5. 관련예규 

부가가치세과-1148, 2012.11.22 

사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 그 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지는 계약내용에 따라 당사자가 결정할 사항입니다.

 

서면3팀-1661, 2006.08.01.  

사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것임. 

 

6. 결어

사업자가 정부의 위임을 받은 기관과 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 누구에게 귀속시키는지에 따라 참여기관으로서 수령하는 정부보조금의 부가가치세 과세 또는 면세여부를 판단해야 할 것이다. 그 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지는 계약내용에 따라 당사자가 종합적으로 고려하여 결정할 사안이다.

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